Taasisi inayo ofisi ya Makao Makuu ambayo kazi kubwa ni kusimamia na kuratibu utafiti wa mifugo unaendelea katika kanda mbalimbali za Taasisi pamoja na kusimamia miradi ya kitaifa ya utafiti wa mifugo. Ofisi hii ipo mtaa wa Nyumba Mia Tatu, jijini Dodoma. Taratibu za awali za kujenga ofisi makao makuu ya kudumu zinaendelea katika eneo la Njedegwa hapa hapa jijini Dodoma. Pia tunatarajia kufungua kituo cha utafiti wa mifugo ambapo kitakuwa na mifugo, vitalu vya malisho, kumbi za mikutano, hosteli za watafiti wageni na maabara za kisasa kwa ajili ya kuwezesha tafiti mbalimbali.